Pour le premier truc, c'est normal, c'est souvent comme ça dans les RPG, tu reprends toujours le jeu "avant la fin". Pense "Pokémon"; tu as beau être devenu Maître, tu peux recommencer la Ligue autant de fois que tu veux sans que rien ne change jamais.
C'était déjà le cas dans IE1; après avoir fini le jeu, si tu retournes à la Gare et que tu prends le train, tu te retrouveras de nouveau au stade Zeus et tu pourras de nouveau les ré-affronter, cinématiques et scénario inclus, comme s'il ne s'était jamais rien passé.
Pour ta deuxième question j'ai peut-être tort, n'ayant pas encore débloqué Prominence dans ma partie, mais il me semble que c'est dans la forêt de Fuji, au niveau du gros rocher sur la droite du pont en rondins que tu construis dans le chapitre 9. Je me souviens avoir lu qu'il y avait des bruits en dessous quand je l'ai inspecté à ce moment du scénario, et si je me souviens bien j'ai cru lire ça ici à quelques reprises.